研究室の人々

Shiraki Lab, Univ Tsukuba

現在のメンバー / 2019

現在のメンバーは、筑波大学大学院数理物質科学研究科電子・物理工学専攻の院生が5名、筑波大学理工学群応用理工学類4年が3名です。

白木賢太郎（PI）

浦朋人（M2）

  • 学士（工学）、2018年3月
  • 日本学術振興会特別研究員DC1、2020年4月
　業績
  1. 浦 朋人、白木賢太郎（解説）「液 - 液相分離による酵素連続反応　細胞内にある代謝の理解」『実験医学』羊土社　2019年11月号vol 37, 3083-3088 (2019)
  2. Atsushi Hirano, Kazuki Iwashita, Tomoto Ura, Shun Sakuraba, Kentaro Shiraki, Tsutomu Arakawa, Tomoshi Kameda. Binding affinity of uncharged aromatic solutes for negatively charged resins is enhanced by cations through cation–pai interaction: the case of sodium ion and arginine. J. Chromato. A, 1595 97–107 (2019).
  3. Kaizuka Y, Ura T, Lyu S, Chao L, Henzie J, Nakao H. Cytosolic Transport of Nanoparticles through Pressurized Plasma Membranes for Molecular Delivery and Amplification of Intracellular Fluorescence. Langmuir. 2016 Dec 20;32(50):13534-13545.

西奈美卓（M2）

  • 学士（工学）、2018年3月
  • 日本学術振興会特別研究員DC1、2020年4月
　業績
  1. 西奈美卓、白木賢太郎「相分離生物学で理解するプリオンの存在意義」物理学会誌
  2. Suguru Nishinami, Tomoshi Kameda, Tsutomu Arakawa, and Kentaro Shiraki. Hydantoin and Its Derivatives Reduce the Viscosity of Concentrated Antibody Formulations by Inhibiting Associations via Hydrophobic Amino Acid Residues. Ind. Eng. Chem. Res, 58, 36, 16296-16306 (2019).
  3. Suguru Nishinami, Atsushi Hirano, Tsutomu Arakawa, and Kentaro Shiraki. Effects of allantoin and dimethyl sulfoxide on the thermal aggregation of lysozyme. Int. J. Biol. Macromol., 119, 180-185 (2018)
  4. Shogo Oki, Suguru Nishinami, Kentaro Shiraki. Arginine suppresses opalescence and liquid–liquid phase separation in IgG solutions. Int. J. Biol. Macromol. 118, 1708-1712 (2018)
  5. Suguru Nishinami, Shunsuke Yoshizawa, Tsutomu Arakawa and Kentaro Shiraki. Allantoin and hydantoin as new protein aggregation suppressors. Int. J. Biol. Macromol., 114, 497-503 (2018)
  6. Shunsuke Tomita, Ayumi Matsuda, Suguru Nishinami, Ryoji Kurita, Kentaro Shiraki. One-step identification of antibody degradation pathways using fluo-rescence signatures generated by cross-reactive DNA-based arrays. Anal. Chem. 89, 7818-7822 (2017)

津村圭亮（M2）

  • 学士（工学）、2018年3月
　業績
  1. Masahiro Mimura, Keisuke Tsumura, Ayumi Matsuda, Naoki Akatsuka, and Kentaro Shiraki. Effect of additives on liquid droplet of protein–polyelectrolyte complex for high-concentration formulations. J Chem Phys. 150, 064903 (2019)

木原良樹（M1）

仲内喜大（M1）

赤星友都（B4）

川村尭之（B4）

野本晃（B4）

卒業生

2005年に3名の1期生が配属して以降、2018年度卒までに8名が博士号を、24名が修士号を、4名が学士号を取得して卒業しています。早期で博士号を取得した人が4名、日本学術振興会特別研究員に採用された人が6名います。卒業後は産総研で研究している人が3名のほか、製薬や医療機器、食品、化学、美容などの企業で研究や開発にかかわる人や、研究からはなれて公務員や銀行マンになっている人もいます。

岩下和輝、2019年3月

  • 博士（工学）、2019年3月
  • 修士（工学）、2016年3月
  • 学士（工学）、2014年3月
  • 日本学術振興会特別研究員DC2、2017年4月
  • H30年度数理物質科学研究科長賞
　業績
  1. Chika Shibata, Kazuki Iwashita, Kentaro Shiraki. Salt-containing aqueous two-phase system shows predictable partition of proteins with surface amino acids residues. Int. J. Biol. Macromol., 133, 1182-1186 (2019).
  2. Chika Shibata, Kazuki Iwashita, Kentaro Shiraki. Selective separation method of aggregates from IgG solution by aqueous two-phase system. Protein Expr Purif. 161, 57-62 (2019).
  3. Atsushi Hirano, Kazuki Iwashita, Tomoto Ura, Shun Sakuraba, Kentaro Shiraki, Tsutomu Arakawa, Tomoshi Kameda. Binding affinity of uncharged aromatic solutes for negatively charged resins is enhanced by cations through cation–pai interaction: the case of sodium ion and arginine. J. Chromato. A, 1595 97–107 (2019).
  4. 白木賢太郎、岩下和輝、三村真大「タンパク質の共凝集と液-液相分離」（分担執筆）シーエムシー出版
  5. Kazuki Iwashita, Akihiro Handa, Kentaro Shiraki. Coacervates and coaggregates: Liquid-liquid and liquid-solid phase transitions by native and unfolded protein complexes. Int. J. Biol. Macromol. 120, 10-18 (2018)
  6. Kazuki Iwashita, Masahiro Mimura, Kentaro Shiraki. Control of aggregation, co-aggregation, and liquid droplet of proteins by small additives. Curr Pharm Biotechnol. 19, 946-955 (2018), review
  7. Kazuki Iwashita, Akihiro Handa, Kentaro Shiraki. Co-aggregation of ovotransferrin and lysozyme. Food Hydrocolloids, 89, 416-424 (2019).
  8. Taehun Hong, Kazuki Iwashita, Kentaro Shiraki. Viscosity Control of Protein Solution by Small Solutes: A Review. Current Protein and Peptide Science, 19, 746-758 (2018)
  9. Atsushi Hirano, Kazuki Iwashita, Shun Sakuraba, Kentaro Shiraki, Tsutomu Arakawa, Tomoshi Kameda. Salt-dependent Elution of Uncharged Aromatic Solutes in Ion-exchange Chromatography. Journal of Chromatography A, 1546, 46-55 (2018)
  10. 岩下和輝、亀田倫史、白木賢太郎。カーボンナノチューブとタンパク質の相互作用。生物工学会誌, vol 95, 723-725 (2017)
  11. Shogo Oki, Kazuki Iwashita, Masahiro Kimura, Hideaki Kano, Kentaro Shiraki. Mechanism of co-aggregation in a protein mixture with small additives. Int. J. Biol. Macromol., 107, 1428-1437 (2018)
  12. Kazuki Iwashita, Akihiro Handa, Kentaro Shiraki. Co-aggregation of ovalbumin and lysozyme. Food Hydrocolloids, 67 206-215 (2017)
  13. Taehun Hong, Kazuki Iwashita, Akihiro Handa, Kentaro Shiraki. Arginine prevents thermal aggregation of hen egg white proteins. Food Research International, 97, 272-279 (2017)
  14. Kazuki Iwashita, Motoki Sumida, Kazuya Shirota, and Kentaro Shiraki. A recovery method of surimi wash-water protein by pH shift and heat treatment. Food Science and Technology Research, 22 (6), 743-749 (2016)
  15. Kazuki Iwashita, Kentaro Shiraki, Rieko Ishii, Takeshi Tanaka, Atsushi Hirano. Arginine Suppresses the Adsorption of Lysozyme on Single-Wall Carbon Nanotube, Chemistry Letters, 45, 952-954 (2016)
  16. Kazuki Iwashita, Kentaro Shiraki, Rieko Ishii, Takeshi Tanaka, Atsushi Hirano. Liquid chromatographic analysis of the interaction between amino acids and aromatic surfaces using single-wall carbon nanotubes. Langmuir. 31, 8923-8929 (2015)
  17. Kazuki Iwashita, Naoto Inoue, Akihiro Handa, and Kentaro Shiraki. Thermal aggregation of hen egg white proteins in the presence of salts. Protein J. 34, 212-219 (2015)
  18. 白木賢太郎、岩下和輝「タンパク質の凝集：モデルと測定法」『微粒子分散・凝集ハンドブック』シーエムシー出版

野中孝裕、2019年3月

  • 博士（工学）、2019年3月
  • 味の素（株）から社会人課程博士
　業績
  1. Takahiro Nonaka, Noriko Tsurui, Teruhisa Mannem, Yoshimi Kikuchi, Kentaro Shiraki. Non-chromatographic purification of teriparatide with a pH-responsive CspB tag. Protein Expr. Purif. 155, 66-71 (2019)
  2. Takahiro Nonaka, Noriko Tsurui, Teruhisa Mannem, Yoshimi Kikuchi, Kentaro Shiraki. A new pH-responsive peptide tag for protein purification.Protein Expression and Purification 146, 91-96 (2018)
  3. Shogo Oki, Takahiro Nonaka, Kentaro Shiraki. Specific solubilization of aromatic impurities in culture media: Arg solution improves purification of pH-responsive tag CspB50 with Teriparatide. Protein Expression and Purification 146, 85-90 (2018)

芝田知可、2019年3月

  • 修士（工学）、2019年3月
  • 学士（工学）、2017年3月
　業績
  1. Chika Shibata, Kazuki Iwashita, Kentaro Shiraki. Salt-containing aqueous two-phase system shows predictable partition of proteins with surface amino acids residues. Int. J. Biol. Macromol., 133, 1182-1186 (2019).
  2. Chika Shibata, Kazuki Iwashita, Kentaro Shiraki. Selective separation method of aggregates from IgG solution by aqueous two-phase system. Protein Expr Purif. 161, 57-62 (2019).

三村真大、2019年3月

  • 修士（工学）、2019年3月
  • 学士（工学）、2017年3月
  • 「市販の蛍光色素を利用したパターン認識に基づくタンパク質および細胞識別法の開発」2018年 東日本分析化学若手交流会（優秀ポスター賞）
  • H30年度数理物質科学研究科長賞
  • 日本学術振興会特別研究員DC2、2020年4月
　業績
  1. Masahiro Mimura, Keisuke Tsumura, Ayumi Matsuda, Naoki Akatsuka, and Kentaro Shiraki. Effect of additives on liquid droplet of protein–polyelectrolyte complex for high-concentration formulations. J Chem Phys. 150, 064903 (2019)
  2. 国際特許　PTC/JP2018/027771
  3. 白木賢太郎、岩下和輝、三村真大「タンパク質の共凝集と液-液相分離」（分担執筆）シーエムシー出版
  4. Kazuki Iwashita, Masahiro Mimura, Kentaro Shiraki. Control of aggregation, co-aggregation, and liquid droplet of proteins by small additives. Curr Pharm Biotechnol. 19, 946-955 (2018), review
  5. Ayumi Matsuda, Masahiro Mimura, Takuya Maruyama, Takaaki Kurinomaru, Shiuhei Mieda, and Kentaro Shiraki. Liquid Droplet of Protein–Polyelectrolyte Complex for High-Concentration Formulations. Journal of Pharmaceutical Sciences, 107, 2713-2719 (2018)
  6. Masahiro Mimura, Shunsuke Tomita, Ryoji Kurita, and Kentaro Shiraki. Array-based generation of response fingerprints with common fluorescent dyes for identification of proteins and cells. Anal Sci. 35, 99-102 (2019)
  7. 「タンパク質オリガミで自在にかごをつくる」（解説）
  8. 医療用タンパク質の複合体。特願2017-142905（テルモ株式会社、筑波大学）

吉澤俊祐、2018年3月

  • 博士（工学）、2018年3月
  • 修士（工学）、2015年3月
  • 学士（工学）、2013年3月（早期卒業）
  • 笹川科学研究助成、2016年
　業績
  1. Shunsuke Yoshizawa, Satoshi Ikawa, Katsuhisa Kitano Kentaro Shiraki. Biochemical mechanism of inactivation of the enzyme by low-temperature atmospheric plasma jet in aqueous solution.
  2. Suguru Nishinami, Shunsuke Yoshizawa, Tsutomu Arakawa and Kentaro Shiraki. Allantoin and hydantoin as new protein aggregation suppressors. Int. J. Biol. Macromol., in press.
  3. Tomohito Nakayama, Shunsuke Yoshizawa, Atsushi Hirano, Takeshi Tanaka, Kentaro Shiraki, Muneaki Hase. Vibrational Energy Transfer from Photo-Excited Carbon Nanotubes to Proteins Observed by Coherent Phonon Spectroscopy. Applied Physics Express, 10 (12), 125101 (2017)
  4. Shunsuke Yoshizawa, Shogo Oki, Tsutomu, Arakawa, and Kentaro Shiraki. Trimethylamine N-oxide (TMAO) is a counteracting solute of benzyl alcohol for multi-dose formulation of immunoglobulin. Int. J. Biol. Macromol., 107, 984-989 (2018)
  5. Shunsuke Yoshizawa, Tsutomu Arakawa, and Kentaro Shiraki. Thermal Aggregation of Human Immunoglobulin G in Arginine Solutions: Contrasting Effects of Stabilizers and Destabilizers, Int. J. Biol. Macromol., 104 (2017) 650–655
  6. Shunsuke Yoshizawa, Tsutomu Arakawa, and Kentaro Shiraki. Effect of counter ions of arginine as an additive for the solubilization of protein and aromatic compounds. Int. J. Biol. Macromol. 91, 471-476 (2016)
  7. Takumi Miyatake, Shunsuke Yoshizawa, Tsutomu Arakawa, Kentaro Shiraki. Charge state of arginine as an additive on heat-induced protein aggregation. Int. J. Biol. Macromol. 87, 563-569 (2016)
  8. 吉澤俊祐 、白木賢太郎「タンパク質の凝集剤としての塩・有機溶媒・高分子」生物工学、2015.5月号
  9. Shunsuke Yoshizawa, Tsutomu Arakawa, and Kentaro Shiraki. Dependence of ethanol effects on protein charges. Int. J. Biological Macromolecules. 68, 169-172 (2014)
  10. Eisuke Takai, Tsuyoshi Kitamura, Junpei Kuwabara, Satoshi Ikawa, Shunsuke Yoshizawa, Kentaro Shiraki, Hideya Kawasaki, Ryuichi Arakawa, and Katsuhisa Kitano. Chemical Modification of Amino Acids by Atmospheric-Pressure Cold Plasma in Aqueous Solution. J. Phys. D: Appl. Phys. 47, 285403 (2014)
  11. Eisuke Takai, Shunsuke Yoshizawa, Daisuke Ejima, Tsutomu Arakawa, and Kentaro Shiraki. Synergistic Solubilization of Porcine Myosin in Physiological Salt Solution by Arginine. Int. J. Biological Macromolecules. 62, 674-651 (2013)

Taehun Hong、2018年3月

  • 修士（工学）、2018年3月
  • 学士（工学）、2016年3月
  • 先導的研究者体験プログラム（ARE）優秀賞「卵白タンパク質の研究」
  • 応用理工学類長賞、2016年3月
　業績
  1. Taehun Hong, Kazuki Iwashita, Kentaro Shiraki. Viscosity Control of Protein Solution by Small Solutes: A Review
  2. Taehun Hong, Kazuki Iwashita, Akihiro Handa, Kentaro Shiraki. Arginine prevents thermal aggregation of hen egg white proteins. Food Research International, 97, 272-279 (2017)

遠藤顕広、2018年3月

  • 修士（工学）、2018年3月
  • 学士（工学）、2016年3月
  • 学修優秀賞（名取賞）2016年3月
　業績
  1. Akihiro Endo, Takaaki Kurinomaru, and Kentaro Shiraki. Hyperactivation of serine proteases by the Hofmeister effect.
  2. Akihiro Endo, Takaaki Kurinomaru, and Kentaro Shiraki. Hyperactivation of α-chymotrypsin by the Hofmeister effect. J. Mol. Catal. B: Enzymatic, 133, 432-438 (2016)

大木渉吾、2018年3月

  • 修士（工学）、2018年3月
  • 学士（工学）、2016年3月
　業績
  1. Shogo Oki, Suguru Nishinami, Kentaro Shiraki. Arginine suppresses opalescence and liquid–liquid phase separation in IgG solutions. Int. J. Biol. Macromol. 118, 1708-1712 (2018)
  2. Shogo Oki, Takahiro Nonaka, Kentaro Shiraki. Specific solubilization of aromatic impurities in culture media: Arg solution improves purification of pH-responsive tag CspB50 with Teriparatide. Protein Expression and Purification 146, 85-90 (2018)
  3. Shogo Oki, Kazuki Iwashita, Masahiro Kimura, Hideaki Kano, Kentaro Shiraki. Mechanism of co-aggregation in a protein mixture with small additives. Int. J. Biol. Macromol., Int. J. Biol. Macromol., 107, 1428-1437 (2018)
  4. Shunsuke Yoshizawa, Shogo Oki, Tsutomu, Arakawa, and Kentaro Shiraki. Trimethylamine N-oxide (TMAO) is a counteracting solute of benzyl alcohol for multi-dose formulation of immunoglobulin. Int. J. Biol. Macromol., 107, 984-989 (2018)
  5. Shogo Oki, Tsutomu Arakawa, Kentaro Shiraki. The effects of n-acetyltryptophan and caprylic acid on protein aggregation. J. Biol. Macromol. 16, 3-7 (2016)

松田あゆみ、2017年3月

  • 修士（工学）、2017年3月
  • 学士（工学）、2015年3月
　業績
  1. Masahiro Mimura, Keisuke Tsumura, Ayumi Matsuda, Naoki Akatsuka, and Kentaro Shiraki. Effect of additives on liquid droplet of protein–polyelectrolyte complex for high-concentration formulations. J. Chem. Phys.
  2. Shunsuke Tomita, Ayumi Matsuda, Suguru Nishinami, Ryoji Kurita, Kentaro Shiraki. One-step identification of antibody degradation pathways using fluo-rescence signatures generated by cross-reactive DNA-based arrays. Anal. Chem. 89, 7818-7822 (2017)
  3. 医療用タンパク質の複合体。特願2016-205236（テルモ株式会社、筑波大学）
  4. Ayumi Matsuda, Masahiro Mimura, Takuya Maruyama, Takaaki Kurinomaru, Shiuhei Mieda, and Kentaro Shiraki. Liquid Droplet of Protein–Polyelectrolyte Complex for High-Concentration Formulations. Journal of Pharmaceutical Sciences, 107, 2713-2719 (2018)

宮武拓未、2017年3月

  • 修士（工学）、2017年3月
  • 学士（工学）、2015年3月
　業績
  1. Takumi Miyatake, Shunsuke Yoshizawa, Tsutomu Arakawa, Kentaro Shiraki. Charge state of arginine as an additive on heat-induced protein aggregation. Int. J. Biol. Macromol. 87, 563-569 (2016)

栗之丸隆章、2016年3月

  • 博士（工学）、2015年3月（早期修了）
  • 修士（工学）、2013年3月
  • 学士（工学）、2011年3月
  • 日本学術振興会特別研究員（DC1→PD）
  • 高分子学会関東支部茨城地区若手の会2012年　最優秀ポスター賞
  • 高分子学会関東支部茨城地区若手の会2011年　優秀ポスター賞
  • PSW2011最優秀ポスター賞
  • 筑波大学大学院　数理物質科学研究科長表彰　博士　2015年3月
  • 筑波大学大学院　数理物質科学研究科長表彰　修士　2013年3月
  • 筑波大学　応用理工学類　第２回学修優秀賞（名取賞）　2011年3月
　業績
  1. Takaaki Kurinomaru, Kengo Kuwada, Shunsuke Tomita, Tomoshi Kameda and Kentaro Shiraki. Noncovalent PEGylation through Protein-Polyelectrolyte Interaction: Kinetic Experiment and Molecular Dynamics Simulation, J. Phys. Chem. B. 121, 6785-6791 (2017)
  2. Kengo Kuwada, Takaaki Kurinomaru, Shunsuke Tomita, and Kentaro Shiraki. Noncovalent PEGylation-based enzyme switch in physiological saline conditions using quaternized polyamines. Colloid and Polymer Science, 296, 1551-1556 (2016)
  3. Takaaki Kurinomaru and Kentaro Shiraki. Aggregative protein-polyelectrolyte complex for high-concentration formulation of protein drug. Int. J. Biol. Macromol. in press
  4. Kentaro Shiraki, Takaaki Kurinomaru, and Shunsuke Tomita. Wrap-and-Strip Technology of Protein-Polyelectrolyte Complex for Biomedical Application. Curr. Med. Chem., 23, 276-289 (2016), review
  5. Shunsuke Izaki, Takaaki Kurinomaru, Kenji Handa, Tomoaki Kimoto, and Kentaro Shiraki. Stress Tolerance of Antibody-Poly(amino acid) Complexes for Improving the Stability of High Concentration Antibody Formulations. J. Pharm. Sci. 104, 2457-2463 (2015)
  6. Takuya Maruyama, Shunsuke Izaki, Takaaki Kurinomarua, Kenji Handa, Tomoaki Kimoto, and Kentaro Shiraki. Protein-poly(amino acid) precipitation stabilizes a therapeutic protein of L-asparaginase against physicochemical stress. J. Biosci. Bioeng.120, 720-723 (2015)
  7. 栗之丸隆章「高分子電解質で制御するタンパク質の物性と機能」『生物工学』2015.5月号
  8. 栗之丸隆章、白木賢太郎「タンパク質沈殿-再溶解法による高濃度タンパク質医薬品の調製」『化学と生物』vol 53-6, 2015
  9. Shunsuke Izaki, Takaaki Kurinomaru, Takuya Maruyama, Kenji Handa, Tomoaki Kimoto and Kentaro Shiraki. Feasibility of Antibody-Poly(amino acid) Complexes: Preparation of High-concentration Antibody Formulations and their Pharmaceutical Properties. J. Pharm. Sci. J. Pharm. Sci. 104, 1929-1937 (2015)
  10. Takaaki Kurinomaru, Tomoshi Kameda, and Kentaro Shiraki. Effects of hydrophobicity and multivalency of polyamines on enzyme hyperactivation of alpha-chymotrypsin. J. Mol. Catal. B: Enzymatic 115, 135-139 (2015)
  11. Takaaki Kurinomaru and Kentaro Shiraki. Non-covalent PEGylation of L-Asparaginase Using PEGylated Polyelectrolyte. J. Pharm. Sci. 104, 587-592 (2015)
  12. Takaaki Kurinomaru, Takuya Maruyama, Shunsuke Izaki, Kenji Handa, Tomoaki Kimoto, and Kentaro Shiraki. Protein-Poly(amino acid) Complex Precipitation for High-concentration Protein Formulation. J. Pharm. Sci. 103, 2248-2254 (2014)
  13. Takaaki Kurinomaru, Shunsuke Tomita, Yoshihisa Hagihara, and Kentaro Shiraki. Enzyme Hyperactivation System Based on Generated Reaction Field by Polyelectrolyte. Langmuir 30, 3826-3831 (2014)
  14. 特許、振とうストレス耐性を有するタンパク質水性懸濁剤。特願2014-219536 （テルモ株式会社）
  15. タンパク質水溶性懸濁剤。PCT/JP2014/78667（テルモ株式会社）
  16. 耐熱性を有するタンパク質水性懸濁剤。特願2013-223774（テルモ株式会社）
  17. 振とうストレス耐性を有するタンパク質水性懸濁剤。特願2013-223775（テルモ株式会社）
  18. 耐酸化性を有するタンパク質水性懸濁剤。特願2013-223778（テルモ株式会社）
  19. 凝集抑制性を有するタンパク質水性懸濁剤。特願2013-223779（テルモ株式会社）
  20. 流動性を有するタンパク質水性懸濁剤。特願2013-223780（テルモ株式会社）
  21. 栗之丸隆章、白木賢太郎「高分子電解質をトリガーに用いる酵素機能の制御：トグルスイッチと超活性化」Bioscience & Industry vol. 71, 318-321 (2013)
  22. Takaaki Kurinomaru, Shunsuke Tomita, Shinpei Kudo, Sumon Ganguli, Yukio Nagasaki, and Kentaro Shiraki. Improved Complementary Polymer Pair System: Switching for Enzyme Activity by PEGylated Polymers. Langmuir 28, 4334-4338 (2012).
  23. 栗之丸隆章「人工酵素と天然酵素でつくる代謝反応」現代化学 FLASH, 505, 4 (2013)
  24. 栗之丸隆章「特別研究員へのインタビュー」生物工学会誌 vol. 91, 12月号 (2013)

島田万里、2016年3月

  • 修士（工学）、2016年3月
  • 学士（工学）、2012年3月
  • ウィスコンシン大学マディソン校薬学部に留学、2014年-2015年
　業績
  1. Masato Shimada, Eisuke Takai, Daisuke Ejima, Tsutomu Arakawa and Kentaro Shiraki. Heat-induced formation of myosin oligomer-soluble filament complex in high salt solution. International Journal of Biological Macromolecules 73, 17-22 (2015)

丸山卓也、2016年3月

  • 修士（工学）、2016年3月
  • 学士（工学）、2014年3月
　業績
  1. Tsutomu Arakawa, Masao Tokunaga, Takuya Maruyama, Kentaro Shiraki. Two Elution Mechanisms of MEP Chromatography. Current Protein & Peptide Science (review)
  2. Takuya Maruyama, Shunsuke Izaki, Takaaki Kurinomarua, Kenji Handa, Tomoaki Kimoto, and Kentaro Shiraki. Protein-poly(amino acid) precipitation stabilizes a therapeutic protein of L-asparaginase against physicochemical stress. J. Biosci. Bioeng.120, 720-723 (2015)
  3. Shunsuke Izaki, Takaaki Kurinomaru, Takuya Maruyama, Kenji Handa, Tomoaki Kimoto and Kentaro Shiraki. Feasibility of Antibody-Poly(amino acid) Complexes: Preparation of High-concentration Antibody Formulations and their Pharmaceutical Properties. J. Pharm. Sci. 104, 1929-1937 (2015)
  4. Atsushi Hirano, Takuya Maruyama, Kentaro Shiraki, Tsutomu Arakawa, and Tomoshi Kameda. Mechanism of Protein Desorption from 4-Mercaptoethylpyridine Resins by Arginine Solutions. J. Chromatogr. A, 1373, 141-148 (2014)
  5. Takaaki Kurinomaru, Takuya Maruyama, Shunsuke Izaki, Kenji Handa, Tomoaki Kimoto, and Kentaro Shiraki. Protein-Poly(amino acid) Complex Precipitation for High-concentration Protein Formulation. J. Pharm. Sci. 103, 2248-2254 (2014)
  6. 特許、振とうストレス耐性を有するタンパク質水性懸濁剤。特願2014-219536 （テルモ株式会社）
  7. タンパク質水溶性懸濁剤。PCT/JP2014/78667（テルモ株式会社）
  8. 耐熱性を有するタンパク質水性懸濁剤。特願2013-223774（テルモ株式会社）
  9. 振とうストレス耐性を有するタンパク質水性懸濁剤。特願2013-223775（テルモ株式会社）
  10. 耐酸化性を有するタンパク質水性懸濁剤。特願2013-223778（テルモ株式会社）
  11. 凝集抑制性を有するタンパク質水性懸濁剤。特願2013-223779（テルモ株式会社）
  12. 流動性を有するタンパク質水性懸濁剤。特願2013-223780（テルモ株式会社）

桑田賢吾、2016年3月

  • 修士（工学）、2016年3月
  • 学士（工学）、2014年3月
　業績
  1. Takaaki Kurinomaru, Kengo Kuwada, Shunsuke Tomita, Tomoshi Kameda and Kentaro Shiraki. Noncovalent PEGylation through Protein-Polyelectrolyte Interaction: Kinetic Experiment and Molecular Dynamics Simulation, J. Phys. Chem. B. 121, 6785-6791 (2017)
  2. Kengo Kuwada, Takaaki Kurinomaru, Shunsuke Tomita, and Kentaro Shiraki. Noncovalent PEGylation-based enzyme switch in physiological saline conditions using quaternized polyamines. Colloid and Polymer Science, Colloid and Polymer Science, 296, 1551-1556 (2016)

井上直人、2015年3月

  • 修士（工学）、2015年3月
  • 学士（工学）、2013年3月
　業績
  1. Kentaro Shiraki, Shunsuke Tomita, and Naoto Inoue. Small Amine Molecules: Solvent Design Toward Facile Improvement of Protein Stability Against Aggregation and Inactivation. Curr. Pharm. Biotechnol. 17, 116-125 (2016), review
  2. 特許、ケラチンの熱凝集抑制剤。特願2014-254301（株式会社ミルボン）
  3. Kazuki Iwashita, Naoto Inoue, Akihiro Handa, and Kentaro Shiraki. Thermal aggregation of hen egg white proteins in the presence of salts. Protein J. 34, 212-219 (2015)
  4. Naoto Inoue, Eisuke Takai, Tsutomu Arakawa, and Kentaro Shiraki. Specific decrease in solution viscosity of antibodies by arginine for therapeutic formulations. Molecular Pharmaceutics. Jun 2;11(6):1889-96 (2014)
  5. Naoto Inoue, Eisuke Takai, Tsutomu Arakawa, and Kentaro Shiraki, Arginine and Lysine Reduce the High Viscosity of Serum Albumin Solutions for Pharmaceutical Injection, J. Biosci. Bioeng. 117, 539-543 (2014)
  6. 「高濃度γグロブリン製剤の粘度低下方法」特許第6179939（筑波大学）
  7. 井上直人、白木賢太郎「難水溶性分子の溶解性を改善するアルギニン」Bioindustry vol. 30, 22-28 (2013)

大橋凱、2015年3月

  • 修士（工学）、2015年3月
  • 学士（工学）、2013年3月
　業績
  1. Katsuhisa Murakami, Tianchen Dong, Yuya Kajiwara, Takaki Hiyama, Teppei Takahashi, Eisuke Takai, Gai Ohashi, Kentaro Shiraki, and Jun-ichi Fujita. Synthesis of graphene nanoribbons from amyloid templates by gallium vapor-assisted solid-phase graphitization. Appl. Phys. Lett. 104, 243101 (2014)
  2. Eisuke Takai, Gai Ohashi, Ryuichi Ueki, Yoichi Yamada, Jun-ichi Fujita, Kentaro Shiraki. Scanning Electron Microscope Imaging of Amyloid Fibrils. American Journal of Biochemistry and Biotechnology 10, 31-39, (2014)
  3. Eisuke Takai, Gai Ohashi, Tomonori Yoshida, Karin Margareta Sorgjerd, Tamotsu Zako, Mizuo Maeda, Katsuhisa Kitano, Kentaro Shiraki, Degeneration of Amyloid-ß Fibrils Caused by Exposure to Low-Temperature Atmospheric-Pressure Plasma in Aqueous Solution, Applied Physics Letters, 104, 023701 (2014)

高井英輔、2014年3月

  • 博士（工学）2014年3月（早期）
  • 修士（工学）2012年3月
  • 学士（工学）2010年3月
  • 日本学術振興会特別研究員DC1
  • 筑波大学大学院数理物質科学研究科長賞　修士
　業績
  1. Masato Shimada, Eisuke Takai, Daisuke Ejima, Tsutomu Arakawa and Kentaro Shiraki. Heat-induced formation of myosin oligomer-soluble filament complex in high salt solution. International Journal of Biological Macromolecules 73, 17–22 (2015)
  2. Toru Nakayama, Taro Sakuraba, Shunsuke Tomita, Akira Kaneko, Eisuke Takai, Kentaro Shiraki, Kentaro Tashiro, Noriyuki Ishii, Yuri Hasegawa, Yoichi Yamada, Reiji Kumai, and Yohei Yamamoto. Charge-Separated Fmoc-Peptide beta-Sheets: Sequence-Secondary Structure Relationship for Arranging Charged Side Chains on Both Sides .Asian J. Org. Chem., 3, 1182-1188 (2014)
  3. Katsuhisa Murakami, Tianchen Dong, Yuya Kajiwara, Takaki Hiyama, Teppei Takahashi, Eisuke Takai, Gai Ohashi, Kentaro Shiraki, and Jun-ichi Fujita. Synthesis of graphene nanoribbons from amyloid templates by gallium vapor-assisted solid-phase graphitization. Appl. Phys. Lett. 104, 243101 (2014)
  4. Naoto Inoue, Eisuke Takai, Tsutomu Arakawa, and Kentaro Shiraki. Specific decrease in solution viscosity of antibodies by arginine for therapeutic formulations. Molecular Pharmaceutics. Jun 2;11(6):1889-96 (2014)
  5. Eisuke Takai, Ken Uda, Shuhei Matsushita, Yui Shikiya, Yoichi Yamada, Tamotsu Zako, Mizuo Maeda, and Kentaro Shiraki. Cysteine Inhibits Amyloid Fibrillation of Lysozyme and Directs the Formation of Small Worm-like Aggregates through Non-Covalent Interactions. Biotechnol. Prog. 30, 470-478 (2014)
  6. Eisuke Takai, Ken Uda, Tomonori Yoshida, Tamotsu Zako, Mizuo Maeda, and Kentaro Shiraki. Cysteine Inhibits the Fibrillisation and Cytotoxicity of Amyloid-b 40 and 42: Implications for the Contribution of the Thiophilic Interaction. Physical Chemistry Chemical Physics 16, 3566 - 3572 (2014)
  7. Naoto Inoue, Eisuke Takai, Tsutomu Arakawa, and Kentaro Shiraki, Arginine and Lysine Reduce the High Viscosity of Serum Albumin Solutions for Pharmaceutical Injection, Journal of Bioscience and Bioengineering, 117, 539-543 (2014)
  8. Eisuke Takai, Gai Ohashi, Ryuichi Ueki, Yoichi Yamada, Jun-ichi Fujita, Kentaro Shiraki. Scanning Electron Microscope Imaging of Amyloid Fibrils. American Journal of Biochemistry and Biotechnology 10, 31-39, (2014)
  9. Eisuke Takai, Gai Ohashi, Tomonori Yoshida, Karin Margareta Sorgjerd, Tamotsu Zako, Mizuo Maeda, Katsuhisa Kitano, Kentaro Shiraki, Degeneration of Amyloid-beta Fibrils Caused by Exposure to Low-Temperature Atmospheric-Pressure Plasma in Aqueous Solution, Applied Physics Letters, 104, 023701 (2014)
  10. 「高濃度γグロブリン製剤の粘度低下方法」特許第6179939（筑波大学）
  11. Eisuke Takai, Shunsuke Yoshizawa, Daisuke Ejima, Tsutomu Arakawa, and Kentaro, Synergistic Solubilization of Porcine Myosin in Physiological Salt Solution by Arginine. International Journal of Biological Macromolecules 62, 647-51 (2013)
  12. Eisuke Takai, Satoshi Ikawa, Katsuhisa Kitano, Junpei Kuwabara, Kentaro Shiraki, Molecular mechanism of plasma sterilization in solution with the reduced pH method: importance of permeation of HOO radicals into the cell membrane, Journal of Physics D: Applied Physics 46, 295402 (2013)
  13. Eisuke Takai, Katsuhisa Kitano, Junpei Kuwabara, Kentaro Shiraki, Protein Inactivation by Low-Temperature Atmospheric Pressure Plasma in Aqueous Solution, Plasma Processes and Polymers 9, 77-82 (2012)
  14. Eisuke Takai, Atsushi Hirano, Kentaro Shiraki, Effects of alkyl chain length of gallate on self-association and membrane-binding. J. Biochem. 150, 165-171 (2011)
エッセイなど
  1. 高井英輔「タンパク質でハンバーグからプラズマまで」筑波大学広報刊行誌Students, 652, 9 (2014)
  2. 高井英輔「コロイドで作ったミクロな分子模型」現代化学 FLASH, 502, 4 (2013)
  3. 高井英輔,日本生物物理学会会誌 生物物理,「若手の声：東日本大震災を研究室で被災して」51, 4, 198-199 (2011)

篠崎大将、2013年3月

  • 修士（工学）、2013年3月
  • 学士（工学）、2011年3月
　業績
  1. Atsushi Hirano, Tomoshi Kameda, Daisuke Shinozaki, Tsutomu Arakawa, Kentaro Shiraki. Molecular Dynamics Simulation of Arginine-Assisted Solubilization of Caffeic Acid: Intervention in the Interaction. J. Phys. Chem. B 117, 7518-7527 (2013)

志喜屋惟、2013年3月

  • 修士（工学）、2013年3月
  • 学士（工学）、2011年3月
　業績
  1. Eisuke Takai, Ken Uda, Shuhei Matsushita, Yui Shikiya, Yoichi Yamada, Tamotsu Zako, Mizuo Maeda, and Kentaro Shiraki. Cysteine Inhibits Amyloid Fibrillation of Lysozyme and Directs the Formation of Small Worm-like Aggregates through Non-Covalent Interactions. Biotechnol. Prog. 30, 470-478 (2014)
  2. Yui Shikiya, Shunsuke Tomita, Tsutomu Arakawa, and Kentaro Shiraki. Arginine inhibits proteins adsorption on polystyrene surface. PLoS One 8, e70762 (2013)

田中智恵、2013年3月

  • 修士（工学）、2013年3月
  • 学士（工学）、2011年3月（早期卒業）

冨田峻介、2012年3月

  • 博士（工学）、2011年7月（早期修了）
  • 修士（工学）、2009年3月
  • 学士（工学）、2007年3月
  • 日本学術振興会博士研究員、2012年4月
  • 第21回日本MRS学術シンポジウム、奨励賞、2011年
  • 財団法人日本科学協会、平成23年度笹川科学研究助成、2011年
  • 筑波大学、つくばダイアモンド研究奨励費、2010年
  • Second International Symposium on Atomic Technologyポスター賞
  • 日本蛋白質科学会ポスター賞2010
  • Soft Matter誌バックカバー
　業績
  1. Shunsuke Tomita, Yukio Nagasaki, and Kentaro Shiraki. Different mechanisms of action of poly(ethylene glycol) and arginine on thermal inactivation of lysozyme and ribonuclease A. Biotechnology and Bioengineering, 109, 2543-2552 (2012)
  2. Takaaki Kurinomaru, Shunsuke Tomita, Shinpei Kudo, Sumon Ganguli, Yukio Nagasaki, and Kentaro Shiraki. Improved complementary polymer pair system: Switching for enzyme activity by PEGylated polymers. Langmuir 28, 4334-4338 (2012)
  3. Len Ito, Masaki Okumura, Kohsaku Tao, Yusuke Kasai, Shunsuke Tomita, Akiko Oosuka, Hidetoshi Yamada, Tomohisa Shibano, Kentaro Shiraki, Takashi Kumasaka, Hiroshi Yamaguchi. Glutathione ethylester, a novel protein refolding reagent, enhances both the efficiency of refolding and correct disulfide formation. Protein J. 31, 499-502 (2012)
  4. Shunsuke Tomita, Yukio Nagasaki, and Kentaro Shiraki. Different mechanisms of action of poly(ethylene glycol) and arginine on thermal inactivation of lysozyme and ribonuclease A. Biotechnology and Bioengineering, 109, 2543-2552 (2012)
  5. Shunsuke Tomita and Kentaro Shiraki. Poly(acrylic acid) is a common non-competitive inhibitor for cationic enzymes with high affinity and reversibility. Journal of Polymer Science Part A: Polymer Chemistry. 49, 3835-3841 (2011)
  6. Shunsuke Tomita, Hiroki Yoshikawa, and Kentaro Shiraki. Arginine controls heat-induced cluster-cluster aggregation of lysozyme at around the isoelectric point. Biopolymers, 95, 695-701 (2011)
  7. Shunsuke Tomita and Kentaro Shiraki. Why do solution additives suppress the heat-induced inactivation of proteins? Biotechnol. Prog., 27, 855-862 (2011)
  8. 冨田峻介、白木賢太郎「タンパク質の劣化を抑制する溶液添加剤：非共有結合的な凝集と共有結合的な修飾」極限環境生物学会誌, 9:81-89 (2010)
  9. Shunsuke Tomita, Len Ito, Hiroshi Yamaguchi, Gen-ichi Konishi, Yukio Nagasaki, and Kentaro Shiraki. Enzyme switch by complementary polymer pair system (CPPS). Soft Matter 6, 5320-5326 (2010)
  10. Sumon Ganguli, Keitaro Yoshimoto, Shunsuke Tomita, Hiroshi Sakuma, Tsuneyoshi Matsuoka, Kentaro Shiraki, and Yukio Nagasaki. Improving the Heat Resistance of Ribonuclease A by the Addition of Poly(N,N-diethylaminoethyl methacrylate)-graft-poly(ethylene glycol) (PEAMA-g-PEG). Macromolecular Bioscience, 10, 853-859 (2010)
  11. Sumon Ganguli, Keitaro Yoshimoto, Shunsuke Tomita, Hiroshi Sakuma, Tsuneyoshi Matsuoka, Kentaro Shiraki, and Yukio Nagasaki. Regulation of Lysozyme Activity Based on Thermotolerant Protein/Smart Polymer Complex Formation. J. Am. Chem. Soc., 131, 6549-6553 (2009)
  12. 蛋白質アーカイブ#041「タンパク質熱凝集を抑制する化合物」松岡　常吉、冨田　峻介、平野　篤. 公開日 2008/6/30
  13. Shunsuke Tomita, Hiroyuki Hamada, Yukio Nagasaki, and Kentaro Shiraki. Synergistic effect of polyethylene glycol with arginine on the prevention of heat-induced aggregation of lysozyme. J. Physics: Conference Series. 06:012022-012026 (2008)
  14. 蛋白質を含む液状組成物中における蛋白質の安定化方法、特許5119545号（筑波大学）
  15. Tsuneyoshi Matsuoka, Shunsuke Tomita, Hiroyuki Hamada, and Kentaro Shiraki. Amidated Amino Acids Are Prominent Additives to Prevent Heat-Induced Aggregation of Lysozyme. J. Biosci. Biochem. vol. 103, 440-443 (2007)

嘉部井航平、2012年3月

  • 修士（工学）、2012年3月
  • 学士（工学）、2010年3月

吉川弘樹、2012年3月

  • 修士（工学）、2012年3月
  • 学士（工学）、2010年3月
　業績
  1. Hiroki Yoshikawa, Atsushi Hirano, Tsutomu Arakawa, and Kentaro Shiraki. Effects of alcohol on the solubility and structure of native and disulfide-modified bovine serum albumin. Int. J. Biol. Macromol. 50, 1286-1291 (2012)
  2. Atsushi Hirano, Hiroki Yoshikawa, Shuhei Matsushita, Yoichi Yamada, and Kentaro Shiraki. Adsorption and disruption of lipid bilayers by nanoscale protein aggregates. Langmure 28, 3887-3895 (2012)
  3. Hiroki Yoshikawa, Atsushi Hirano, Tsutomu Arakawa, and Kentaro Shiraki. Mechanistic insights into protein precipitation by alcohol. Int. J. Biological Macromolecules 50, 865-871 (2012)
  4. Shunsuke Tomita, Hiroki Yoshikawa, and Kentaro Shiraki. Arginine controls heat-induced cluster-cluster aggregation of lysozyme at around the isoelectric point. Biopolymers, 95, 695-701 (2011).

神山有理、2012年3月

  • 学士（工学）、2012年3月

田辺裕美子、2012年3月

  • 学士（工学）、2012年3月
　業績
  1. Shunsuke Tomita, Yumiko Tanabe, and Kentaro Shiraki. Oligoethylene glycols prevent thermal aggregation of alpha-chymotrypsin in a temperature-dependent manner: implications for design guidelines. Biotechnol. Prog. 29, 1325-1330 (2013)

平野篤、2011年3月

  • 博士（工学）（早期修了）、2010年3月
  • 修士（工学）、2008年3月
  • 学士（工学）、2006年3月
  • 筑波大学数理物質科学研究科長賞　博士
  • 日本学術振興会特別研究員DC1→博士研究員PD
  • ホソカワ粉体工学振興財団・研究者育成助成
　業績
  1. Atsushi Hirano, Kentaro Shiraki, and Tsutomu Arakawa. Polyethylene glycol behaves like weak organic solvent. Biopolymers 97, 117-122 (2011)
  2. Ryosuke Ariki, Atsushi Hirano, Tsutomu Arakawa, Kentaro Shiraki. Arginine increases solubility of alkyl gallates through interaction with the aromatic ring. J. Biochem. 149, 389-394 (2011)
  3. 平野篤、白木賢太郎「姿をかえるタンパク質」生物工学, 89, 404-407 (2011)
  4. Ryosuke Ariki, Atsushi Hirano, Tsutomu Arakawa, Kentaro Shiraki. Drug solubilization effect of lauroyl-L-glutamate, J. Biochemistry, 151, 27-33 (2012)
  5. Atsushi Hirano, Kentaro Shiraki, Takako Niikura, Tsutomu Arakawa and Yoshiko Kita. Structure of three Humanin peptides with different activities upon interaction with liposome. International Journal of Biological Macromolecules. 48, 360-363 (2011)
  6. Atsushi Hirano, Ken Uda, Yutaka Maeda, Takeshi Akasaka, and Kentaro Shiraki. One-Dimensional Protein-Based Nanoparticles Induce Lipid Bilayer Disruption: Carbon Nanotube Conjugates and Amyloid Fibrils. Langmuir, 26, 17256-17259 (2010)
  7. Atsushi Hirano, Tomoshi Kameda, Tsutomu Arakawa, Kentaro Shiraki. Arginine-Assisted Solubilization System for Drug Substances: Solubility Experiment and Simulation. J. Phys. Chem. B, 114, 13455-13462 (2010)
  8. Atsushi Hirano, Ken Uda, Yutaka Maeda, Takeshi Akasaka, and Kentaro Shiraki. One-Dimensional Protein-Based Nanoparticles Induce Lipid Bilayer Disruption: Carbon Nanotube Conjugates and Amyloid Fibrils. Langmuir, 26, 17256-17259 (2010)
  9. Atsushi Hirano, Yutaka Maeda, Xiaofei Yuan, Ryuuichi Ueki, Yosuke Miyazawa, Jun-ichi Fujita, Takeshi Akasaka, and Kentaro Shiraki. Controlled dispersion and purification of protein-CNT conjugates by guanidine hydrochloride. Chemistry, 16, 12221-12228 (2010)
  10. Atsushi Hirano, Kentaro Shiraki, Takako Niikura, Tsutomu Arakawa and Yoshiko Kita. Structure changes of natively disordered Humanin in the presence of lipid. International Journal of Biometrics. 46, 375-379 (2010)
  11. Atsushi Hirano, Hiroko Tokunaga, Masao Tokunaga, Tsutomu Arakawa, and Kentaro Shiraki. The solubility of nucleobases in aqueous arginine solutions. Archives of Biochemistry and Biophysics. 497, 90-96 (2010)
  12. Atsushi Hirano, Yutaka Maeda, Takeshi Akasaka, and Kentaro Shiraki. Mechanism of enhanced dispersion of single-walled carbon nanotubes with proteins by alcohols and chaotropes. Japanese Journal of Applied Physics, 49, 06GJ10 (2010)
  13. Akiko Fujimoto, Atsushi Hirano, and Kentaro Shiraki. Ternary system of solution additives with arginine and salt for refolding of beta-galactosidase. Protein J. 29, 161-166 (2010)
  14. Kentaro Shiraki, Atsushi Hirano, Yoshiko Kita, A. Hajime Koyama and Tsutomu Arakawa. Potential application of arginine in interaction analysis. review, Drug Discoveries and Therapeutics, review, 4, 326-333 (2010)
  15. Kotaro Makino, Atsushi Hirano, Kentaro Shiraki, Yutaka Maeda, Muneaki Hase. Ultrafast vibrational motion of carbon nanotubes in different pH environments. Physical Review B. 80, 245428 (2009)
  16. 特許、水系媒体中へのカーボンナノチューブの分散方法。特願2009-245773（筑波大学）
  17. 特許、水系溶媒中へのカーボンナノチューブの分散方法。特願2008-207851、特許第5224515号（筑波大学）
  18. Tsutomu Arakawa, Atsushi Hirano, Kentaro Shiraki, Yoshiko Kita and A. Hajime Koyama. Stabilizing and destabilizing effects of arginine on deoxyribonucleic acid. Int. J. Biological Macromolecules. 46, 217-222 (2010)
  19. Atsushi Hirano, Yutaka Maeda, Takeshi Akasaka, and Kentaro Shiraki, Synergistically Enhanced Dispersion of Native Protein-Carbon Nanotube Conjugates by Fluoroalcohols in Aqueous Solution. Chem. Eur. J., 15, 9905-9910 (2009)
  20. Atsushi Hirano, Tsutomu Arakawa, Kentaro Shiraki. Application of arginine to increse the solubility of poorly water-soluble compounds. J. Proteom. Bioinform., 2, 174 (2008)
  21. 蛋白質アーカイブ#041「タンパク質熱凝集を抑制する化合物」松岡　常吉、冨田　峻介、平野　篤. 公開日 2008/6/30
  22. Atsushi Hirano, Tsutomu Arakawa, Kentaro Shiraki. Arginine increases the solubility of coumarin: Comparison with salting-in and salting-out additives. J. Biochem. 144, 363-369 (2008)
  23. Atsushi Hirano, Hiroyuki Hamada, and Kentaro Shiraki. Trans-cyclohexanediamines prevent thermal inactivation of protein: Role of hydrophobic and electrostatic interactions. Protein J. 27, 253-257 (2008)
  24. Atsushi Hirano, Hiroyuki Hamada, Tatsunori Okubo, Takumi Noguchi, Hiroki Higashibata, and Kentaro Shiraki. Correlation between thermal aggregation and stability of lysozyme with salts described by molar surface tension increment: an exceptional propensity of ammonium salts as aggregation suppressor. Protein J. 26, 423-433 (2007)
  25. 白木 賢太郎、平野 篤、浜田 寛之. タンパク質凝集抑制剤の構造. 生物工学会誌 vol. 84, No. 10, 395-397 (2006)

栢野聡一郎、2011年3月

  • 修士（工学）、2011年3月
  • 学士（工学）、2009年3月
　業績
  1. Kentaro Shiraki and Soichiro Kayano, Thermal-Assisted Refolding: Dilution folding initiated at high temeprature. Curr. Pharm. Biotech. 11, 306-308 (2010).
  2. 特許、タンパク質のリフォールディング組成物。特願2009-018930

有木良介、2011年3月

  • 修士（工学）、2011年3月
  • 学士（工学）、2009年3月
　業績
  1. Ryosuke Ariki, Atsushi Hirano, Tsutomu Arakawa, Kentaro Shiraki. Arginine increases solubility of alkyl gallates through interaction with the aromatic ring. J. Biochem. 149, 389-394 (2011).
  2. Ryosuke Ariki, Atsushi Hirano, Tsutomu Arakawa, Kentaro Shiraki. Drug solubilization effect of lauroyl-L-glutamate, J. Biochemistry, 151, 27-33 (2012).

松下周平、2011年3月

  • 修士（工学）、2011年3月
　業績
  1. Eisuke Takai, Ken Uda, Shuhei Matsushita, Yui Shikiya, Yoichi Yamada, Tamotsu Zako, Mizuo Maeda, and Kentaro Shiraki. Cysteine Inhibits Amyloid Fibrillation of Lysozyme and Directs the Formation of Small Worm-like Aggregates through Non-Covalent Interactions. Biotechnol. Prog. 30, 470-478 (2014)
  2. Atsushi Hirano, Hiroki Yoshikawa, Shuhei Matsushita, Yoichi Yamada, and Kentaro Shiraki. Adsorption and disruption of lipid bilayers by nanoscale protein aggregates. Langmure 28, 3887-3895 (2012)

宇田謙、2010年3月

  • 修士（工学）、2010年3月
  • 学士（工学）、2008年3月
　業績
  1. Eisuke Takai, Ken Uda, Shuhei Matsushita, Yui Shikiya, Yoichi Yamada, Tamotsu Zako, Mizuo Maeda, and Kentaro Shiraki. Cysteine Inhibits Amyloid Fibrillation of Lysozyme and Directs the Formation of Small Worm-like Aggregates through Non-Covalent Interactions. Biotechnol. Prog. 30, 470-478 (2014)
  2. Eisuke Takai, Ken Uda, Tomonori Yoshida, Tamotsu Zako, Mizuo Maeda, and Kentaro Shiraki. Cysteine Inhibits the Fibrillisation and Cytotoxicity of Amyloid-b 40 and 42: Implications for the Contribution of the Thiophilic Interaction. Physical Chemistry Chemical Physics 16, 3566 - 3572 (2014)
  3. 特許、βアミロイド線維生成阻害剤。特願2009-245387

藤本明子、2010年3月

  • 修士（工学）、2010年3月
  • 学士（工学）、2008年3月
　業績
  1. リフォールディングキット
  2. Akiko Fujimoto, Atsushi Hirano, and Kentaro Shiraki. Ternary system of solution additives with arginine and salt for refolding of beta-galactosidase. Protein J. 29, 161-166 (2010).
  3. 特許、タンパク質のリフォールディング組成物。特許出願2009年1月30日、特願2009-018930

白土遼、2009年3月

  • 学士（工学）、2009年3月

菅俊幸、2009年3月

  • 学士（工学）、2007年3月
  • 学士（修士）、2009年3月

井岡裕史、2009年3月

  • 学士（工学）、2009年3月

浜田寛之、2008年3月

  • 博士（工学）、2008年3月
  • 筑波大学大学院数理物質科学研究科長賞、博士課程
　業績
  1. Tsuneyoshi Matsuoka, Hiroyuki Hamada, Koji Matsumoto, and Kentaro Shiraki. Indispensable structure of solution additives that prevent misfolding for heating and refolding of lysozyme. Biotechnol. Prog. 25, 1515-1524 (2009)
  2. Hiroyuki Hamada, Tsutomu Arakawa, and Kentaro Shiraki. Effect of additives on protein aggregation. Curr. Pharm. Biotechnol. 10, 400-407 (2009)
  3. 蛋白質アーカイブ#035「タンパク質リフォールディングの標準的な方法」浜田寛之、松岡常吉. 公開日 2008/6/9
  4. Hiroyuki Hamada, Ryouta Takahashi, Takumi Noguchi, and Kentaro Shiraki. The differences in the effect of solution additives on heat- and refolding-induced aggregation. Biotechnol. Prog. 24, 436-443 (2008)
  5. Atsushi Hirano, Hiroyuki Hamada, and Kentaro Shiraki. Trans-cyclohexanediamines prevent thermal inactivation of protein: Role of hydrophobic and electrostatic interactions. Protein J. 27, 253-257 (2008)
  6. Shunsuke Tomita, Hiroyuki Hamada, Yukio Nagasaki, and Kentaro Shiraki. Synergistic effect of polyethylene glycol with arginine on the prevention of heat-induced aggregation of lysozyme. J. Physics 106, 012022 (2008)
  7. Atsushi Hirano, Hiroyuki Hamada, Tatsunori Okubo, Takumi Noguchi, Hiroki Higashibata, and Kentaro Shiraki. Correlation between thermal aggregation and stability of lysozyme with salts described by molar surface tension increment: an exceptional propensity of ammonium salts as aggregation suppressor. Protein J. 26, 423-433 (2007)
  8. Tsuneyoshi Matsuoka, Shunsuke Tomita, Hiroyuki Hamada, and Kentaro Shiraki. Amidated amino acids are prominent additives to prevent heat-induced aggregation of lysozyme. J. Biosci. Bioeng. 103, 440-443 (2007)
  9. Hiroyuki Hamada, and Kentaro Shiraki. L-Argininamide improves the oxidative refolding of lysozyme more effectively than L-arginine. J. Biotechnol. vol. 130, 153-60 (2007)
  10. 特許、タンパク質のリフォールディング添加剤及びそれを用いたタンパク質の再生方法。特願2006-167386
  11. 浜田 寛之, 白木 賢太郎. アミロイド線維を用いた新しいナノ素材. 現代化学. No. 408, 20-26 (2005).
  12. 白木 賢太郎、平野 篤、浜田 寛之. タンパク質凝集抑制剤の構造. 生物工学会誌 vol. 84, No. 10, 395-397 (2006)

松岡常吉、2008年3月

  • 修士（工学）、2008年3月
  • 学士（工学）、2006年3月
　業績
  1. Sumon Ganguli, Keitaro Yoshimoto, Shunsuke Tomita, Hiroshi Sakuma, Tsuneyoshi Matsuoka, Kentaro Shiraki, and Yukio Nagasaki. Regulation of Lysozyme Activity Based on Thermotolerant Protein/Smart Polymer Complex Formation. J. Am. Chem. Soc., 131, 6549-6553 (2009)
  2. Tsuneyoshi Matsuoka, Hiroyuki Hamada, Koji Matsumoto, and Kentaro Shiraki. Indispensable Structure of Solution Additives to Prevent Inactivation of Lysozyme during Heating and Refolding. Biotechnol. Prog. 25, 1515-1524 (2009)
  3. 蛋白質アーカイブ#035「タンパク質リフォールディングの標準的な方法」浜田寛之、松岡常吉. 公開日 2008/6/9
  4. Tsuneyoshi Matsuoka, Shunsuke Tomita, Hiroyuki Hamada, and Kentaro Shiraki. Amidated Amino Acids Are Prominent Additives to Prevent Heat-Induced Aggregation of Lysozyme. J. Biosci. Biochem. vol. 103, 440-443 (2007)
  5. 特許、蛋白質の安定化のための温度応答性ポリマーの使用。特願2008-56460

松本幸治、2008年3月

  • 修士（工学）、2008年3月
  • 学士（工学）、2006年3月
　業績
  1. Tsuneyoshi Matsuoka, Hiroyuki Hamada, Koji Matsumoto, and Kentaro Shiraki. Indispensable Structure of Solution Additives to Prevent Inactivation of Lysozyme during Heating and Refolding. Biotechnol. Prog. 25, 1515-1524 (2009)

植野甲史郎、2007年3月

  • 学士（工学）、2007年3月

配属希望の皆様へ

４年生の卒業研究は、筑波大学理工学群応用理工学類のどの主専攻からでも配属できます。例年定員があり、成績で決まります。大学院生は、筑波大学大学院理物質科学研究科電子・物理工学専攻から配属できます。

方針 / 方法的に

  • 研究するためには、実験と科学リテラシーの両方が組み合わさることが大切です。論文は終わった実験データのアーカイブではなく、科学の生きた思考のカタチです。科学のアウトラインの中でデータの解釈ができ、自在に表現できるようになると良いと思います。
  • 特別な技術や測定法には頼らず、できる限りありふれたものを組み合わせ、科学の土俵にのせて課題を解決するというスタイルです。こういうアプローチは普遍性があるので、身につけると強みになると思います。
  • 卒論のテーマは、先輩の手伝いではなく自分が主体となって進めるテーマをひとつ持ちます。現在では医用系の産学連携と、食品系に近い産学連携と、蛋白質溶液のイノベーション系の内容です。具体的には相談しながら決めます。
  • 確実に原著論文が執筆できるサイズと内容を持ったテーマを作ります。すなわち、自分の手でテーマ作りから実験の組み立て、投稿論文の執筆、レビュアーとの「バトル」まで、全て自分でできるようになることを重視しています。
  • 論文を書き終え、自分で全てをやれるようになった院生は、後輩のテーマ設定から論文執筆までの指導を担当することも多いです。教えることで学びは完成するというのが学びの本質なので、いち早く教える側に回ることは価値が高いと考えています。
  • さまざまな共同研究者が出入りし、毎週のように誰かが実験をしていたり、ディスカッションをしたりしています。特許や製品を目指す産学連携や、応用理工の研究室との萌芽的な共同研究など、意欲があればサブテーマにたずさわる機会も多いのが特徴です。
  • 研究テーマの着想から原著論文の投稿まで、できる限り方法的に進めることを重視しています。基本に忠実に当たり前のことが当たり前にできるようになれば、やがて自分らしさが出てきて、さいごに深い意味での面白さが見えてきます。守って型に付き、破って型へ出て、離れて型を生む、です。

ゼミ / 公式の行事

  • 週1回、公式のゼミがあります。全員が雑誌会か週例会のいずれかの発表をします。
  • 雑誌会では、最新論文を目利きし、1枚にまとめて紹介します。科学の文脈に沿って情報を正しく伝えるためには型があり、他人の研究成果を読み解き、型に沿って書き言葉にします。
  • 週例会では、自分の直近の研究を説明します。科学の型に沿って、定量性のあるデータと解釈を報告し、議論します。論文に使えるクオリティの図表や考察が残されるので、論文を書くときに役立ちます。
  • ちなみに、「コアタイム」などの束縛はありません。ゼミで毎週きちんと発表できるよう自分で時間の使い方をコントロールすることも大事です。

朝輪 / 研究室の特徴

  • 毎朝9時から30分間、輪読しています。朝輪（あさりん）です。朝稽古のようなもので、講義や出張などがない人は参加します。
  • 輪読の方法は、原著論文を30分で読み切る実践的な読み方や、新分野を学ぶための解説、大御所が報告した新しい総説、流行っている異分野の論文の読み方など、学び方ごと学びます。
  • 輪読の内容は、共同研究者が書いた新しい論文から、新しいテーマをはじめるための最近の論文や、ノーベル賞の公式プレスリリース、ケンドリューやワトソン・クリックなどの偉大な論文、ジョージ・ホワイトサイズの著名な「論文の書き方」まで、さまざまです。
  • ４年生ははじめは予習に何時間もかかることがありますが、半年もすれば30分間で足り、M1になれば予習も不要になります。その頃には読むどころか、原著論文を英語で書いています。

ギャラリー

はじめての研究室旅行、高井君の博士審査後、最近の同窓会、ピーター来訪、ラボ10周年の記念盾。